Немного истории
Программы для создания баз данных стали доступны биологам с появлением операционной системы Windows в 1990-х. В это время практически каждая группа, работающая в области изучения биоразнообразия, вела собственную базу данных. Первое совещание о биологических базах данных было организовано в 1990 г. в г. Пущино Московской области по инициативе Юрия Георгиевича Пузаченко (ИПЭЭ РАН) и его коллег (Смирнов и др., 2006). Затем совещания по этой тематики переместились в Санкт-Петербург, где проводились в Зоологическом институте РАН и Ботаническом институте РАН. В 1994 г. в Санкт-Петербурге состоялся первый международный симпозиум, посвященный базам данных в биологии, в последующие годы был проведен ряд конференций:
- 1994 г. «Базы данных и компьютерная графика в зоологических исследованиях» (Степаньянц и др., 1997)
- 1995 г. 2-е совещание «Компьютерные базы данных в ботанических исследованиях»
- 1997 г. 3-е совещание «Компьютерные базы данных в ботанических исследованиях»
- 1999 г. «Информационно-поисковые системы в зоологии и ботанике» (Рысс, Смирнов, 1999)
- 2001 г. «Информационные и телекоммуникационные ресурсы в зоологии и ботанике» (Рысс, Минтер, 2001)
- 2003 г. «Информационные системы по биоразнообразию видов и экосистем» (Алимов, 2003)
Участники конференции "Информационно-поисковые системы в изучении биоразнообразия", ЗИН РАН, 1999 г. (источник)
В 2005 г. в Зоологическом институте РАН состоялась ежегодная конференция рабочей группы TDWG.
- 5-й международный симпозиум «Электронные биологические коллекции: теории, стандарты и перспективы использования» («Taxonomic Databases Working Group 2005 Annual Meeting») (Berendsohn, Rissone, 2005)
В 2006 г. состоялась 6-я конференция «Информационные системы и WEB-порталы по разнообразию видов и экосистем» (Павлов и др., 2006), которая проходила в Институте биологии внутренних вод (пос. Борок, Ярославская обл.).
К сожалению, все эти активности не привели к созданию единых стандартов для представления данных. Большинство ресурсов, разработанных в этот период, в настоящее время не поддерживаются, или вовсе недоступны.
Информационные технологии в исследовании биоразнообразия
Традиция проведения тематических конференций возобновилась благодаря активности коллег из Кольского научного центра РАН. В 2017 г. состоялась
- Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях» (28-31 марта, Апатиты)
Участники конференции "Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях", Апатиты, 2017 г. Фото Организаторов конференции.
В работе конференции приняли участие 88 специалистов из России, Финляндии, Швеции и Дании. На конференции работали три секции:
1. Информационные системы (ИС) и базы данных.
2. Современные информационные технологии в обработке данных.
3. Применение дистанционных методов в картировании растительности и изучении биоразнообразия.
По итогам конференции был издан сборник тезисов докладов и специальный выпуск журнала "Труды Кольского научного центра РАН. Серия "Прикладная экология Севера". Конференция заложила хорошие традиции, и следующие совещания стали удобной площадкой для координации усилий по развитию и внедрению новейших методов обработки и хранения данных в России.
Огромная работа по организации конференции была проделана Организационным комитетом, который возглавили Денис Александрович Давыдов и Евгений Александрович Боровичев.
Через год конференция проводилась в Иркутске на базе Института динамики систем и теории управления СО РАН
-
Международная конференция «Информационные технологии в исследовании биоразнообразия»
(Иркутск, Институт динамики систем и теории управления СО РАН, 11-14 сентября 2018)
Участники конференции "Информационные технологии в исследовании биоразнообразия", Иркутск, 2018 г. (источник)
Конференция проходила на базе Института динамики систем и теории управления СО РАН, председатель Оргкомитета - Роман Константинович Федоров. Заместитель председателя - Алла Васильевна Верхозина (Сибирский институт физиологии и биохимии растений СО РАН).
На конференции состоялись заседания секций:
- Глобальные порталы данных о биоразнообразии: интеграция данных, использование в задачах генерации знаний.
- Информационно-аналитические системы по биоразнообразию. Электронные биологические коллекции.
- Национальные данные о биоразнообразии: современное состояние оцифровки. Вопросы авторских прав, методы и концепции оценки качества данных.
- Теоретические основы и технологии организации информационно-телекоммуникационных инфраструктур. Стандарты описания цифровых данных, сервисов обработки и т.д.
- Методы, модели, программные системы и Веб-сервисы для анализа данных о биоразнообразии.
- Применение дистанционных методов в картографировании растительности и изучении биоразнообразия.
В конференции приняли участие специалисты из России, Франции, Норвегии, Швеции, Дании, Китая, Польши и Республики Беларусь. Тезисы конференции опубликованы в сборнике на английском языке, расширенные материалы - в тематическом выпуске "Information Technologies in the Research of Biodiversity" издательства Springer
Третья конференция состоялась в 2020 г. в Екатеринбурге, в Уральском федеральном университете Первого президента России Б.Н. Ельцина
- III Национальная научная конференция с международным участием «Информационные технологии в исследовании биоразнообразия» посвящённая 100-летию со дня рождения академика РАН Павла Леонидовича Горчаковского Екатеринбург, Россия, 5–10 октября 2020 г.
Участники III конференции "Информационные технологии в исследовании биоразнообразия", Екатеринбург, 2020 г.
Фото Натальи Ивановой, CC-BY
Конференция включала следующие секции:
- Глобальные порталы о биоразнообразии: интеграция данных и их использование в научных исследованиях
- Мобилизация данных о биоразнообразии в России: опыт разработки баз данных и информационных систем
- Современное состояние и перспективы оцифровки российских научных биологических коллекций
- Биологическое разнообразие водных и наземных экосистем и методы его анализа
- Применение ГИС-технологий и использование данных дистанционного зондирования в исследованиях биологического разнообразия.
Также на конференции состоялись 2 круглых стола:
- Citizen science проекты для сбора научных данных о биоразнообразии
- Совершенствование навыков работы с цифровыми данными о биоразнообразии в системе высшего образования
и 2 обучающих курса:
- Подготовка данных для публикации в Глобальной информационной системе о биоразнообразии GBIF: практический семинар для начинающих.
- Возможности использования Виртуальной лаборатории моделирования ареалов bccvl: семинар для продвинутых пользователей.
В работе конференции приняли участие более 120 исследователей из России, Дании, Норвегии, Болгарии, Германии, Республики Беларусь и Узбекистана. Материалы докладов на русском языке доступны в сборнике конференции.
Проведение конференции стало возможным благодаря трудам зам. председателя Программного комитета Алены Сергеевны Третьяковой, секретаря Оргкомитета Павла Вячеславовича Кондраткова и Виктории Дамировны Владыкиной.
Список литературы
И.С. Смирнов, А.Л. Лобанов, О.Н. Пугачев, Д.В. Гельтман. 2006. К истории совещаний по биологическим (зоологическим и ботаническим) базам данных и информационно-поисковым системам в СССР и России // "Информационные системы и web-порталы по разнообразию видов и экосистем". Материалы международн. симпозиума. Борок, 28 ноября - 1 декабря 2006 г. Москва, Товарищество науч. изд. КМК, 2006. С. 18-20.
Степаньянц С.Д., Лобанов А.Л., Дианов М.Б. (под ред.) 1997. Базы данных и компьютерная графика в зоологических исследованиях. Труды Зоологического института РАН. Т. 269
Рысс А.Ю., Смирнов И.С. (под ред.) 1999. Информационно-поисковые системы в зоологии и ботанике. Труды Зоологического института РАН. Т. 287.
Рысс А.Ю., Минтер Д. (под ред.) 2001. Информационные и телекоммуникационные ресурсы в зоологии и ботанике. Тезисы 2-го международного симпозиума. СПб.
Алимов А.Ф. (под ред.) 2003. Информационные системы по биоразнообразию видов и экосистем: международный симпозиум, 1-4 Декабря 2003, Зоологический институт РАН, Санкт-Петербург, Россия: научная программа и тезисы докладов. СПб. 116 с.
Berendsohn W.F., Geoffroy M. Networking taxonomic concepts - uniting without 'Unitary-ism' // Biodiversity databases : techniques, politics, and applications. Boca Raton, London, New York: CRC Press, 2007. P. 13-22.
Павлов Д.С., Дгебуадзе Ю.Ю., Петросян В.Г. (под ред.) 2006. Информационные системы и WEB-Порталы по разнообразию видов и экосистем. Материалы международного симпозиума. М.: Т-во научных изданий КМК. 261 с.
