Новости

Семинар по использованию данных GBIF.org.

Презентация

Семинар состоялся в рамках конференции Биология - наука XXI века http://www.biology21.ru. Огромное спасибо руководителю секции "Экология" Ане Квиткиной за организацию!

UGRABIO планы развития

Немного о подготовке объединенной базы биологических коллекций UGRABIO в Ханты-Мансийске. Вчера у нас прошел второй семинар "Биологические коллекции Югры: сбор, фиксация, хранение, научный оборот" (первая встреча была в 2015 году и дальше будет проводится раз в два года). В семинаре участвовали сотрудники ООПТ, музеев и двух университетов округа (ЮГУ и СурГУ). В этом году были представлены доклады об истории, содержании и развитии восьми коллекций (примерно столько же в прошлом). 

Программы и Тезисы первого семинара можно найти (https://fungariumysu.org/2017/04/04/biological-collection-of-yugra-workshop/).

В этом году мы обсуждали также вопрос создания информационной системы, которая могла бы разместить данные коллекций в регионе. Сейчас есть только одна такая система (Биологическая коллекция ЮГУ) на основе ПО Specify, установлена и работает в пробном режиме на сервере ЮГУ (https://mukhrinostation.com/research/ysu-bc/). Участники семинара решили, что нужно продолжать развивать эту систему, сделать в базе несколько разделов для других коллекций и в этом году настроить для каждой ее рабочую среду и импортировать обозримое число образцов коллекций в качестве пробной версии. Следующим важным шагом будет организация экспорта данных из этой системы в GBIF. 

Мы начнем в ближайшее время разработку пошагового плана для исполнения этой задачи (и наверное опубликуем такой план-статью в сборнике семинара этого года). Будем благодарны за информационную поддержку.

Нина Филиппова

 

Distribution of the invasive plant species Heracleum sosnowskyi Manden. in the Komi Republic (Russia)

Ура! В журнале PhytoKeys вышла первая data paper из России! Подробности по ссылке.

 

Материалы конференции "Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях"

Конференция проходила в г. Апатиты Мурманской области 28-31 марта 2017 г.  Прямо сейчас доступен сборник тезисов конференции и презентации участников, а также видео некоторых докладов. Информация будет обновляться.

 

Webinar on Darwin Core

Серия вебинаров о стандарте Darwin Core. Ближайший - 7 февраля.

Современная версия стандарта описания данных по биоразнообразию Darwin Core (DwC) была принята в 2009 году международной организацией Taxonomic Database Work Group (TDWG). Сейчас DwC широко используется для систематизации флористических и фаунистических сборов, оцифровки гербариев и зоологических коллекций, разработки баз данных по биоразнообразию различных групп живых организмов.

На вебинарах будет рассматриваться широкий круг вопросов, связанных с DwC – что это такое, как этим пользоваться, как он меняется, где можно найти дополнительную информацию и куда обратиться за помощью. Также будут рассматриваться частные вопросы участников мероприятий, связанных с использованием стандарта Darwin Core.

Страница вебинаров на портале GBIF

Инструкции для участников

 

Глобальная информационная система по биоразнообразию GBIF

GBIF (gbif.org) организована в 2001 г. как научная инфраструктура, обобщающая данные биологических коллекций и прочих источников информации и биоразнообразии и выполняющая функции поддержки международных биологических конвенций. В настоящее время GBIF является крупнейшим в мире ресурсом открытых данных по биоразнообразию, содержащим сведения о 653 796 097 находках 1 643 699 видов (по состоянию на июнь 2016). В настоящее время GBIF публикует данные о находках видов, региональные и глобальные списки видов (Checklists) и метаданные (Metadata), а также результаты стандартных учетов и обследований на пробных площадях (Sample-based data). Большинство опубликованных данных (около 88%) имеют точечную географическую привязку (широта / долгота). Система GBIF является агрегатором данных из разнообразных источников и предоставляет онлайн платформу для свободного доступа к объединенному массиву данных. Электронная публикация данных осуществляется организациями, зарегистрированными в сети GBIF. Каждый набор данных (Dataset), опубликованный через портал GBIF.org получает уникальный идентификатор цифрового объекта (DOI), и напрямую связан с авторами набора данных и веб-страницей публикующей организации. Все опубликованные данные соответствуют международному стандарту описания данных о биоразнообразии Darwin Core. Структура GBIF представляет собой сеть взаимосвязанных национальных порталов («узлов» или Nodes) и отдельных институтов. Для «упаковки» данных в стандарт Darwin Core и публикации в сети GBIF.org используется специальный онлайн инструмент Integrated Publishing Toolkit (IPT). Как правило, в каждой стране-участнице GBIF находится один или несколько узлов с установленным на нём IPT, объединяющих публикующие данные организации.

Инструкции для организаций, желающих публиковать данные на глобальном портале ЗДЕСЬ

 

Набор презентаций, посвященных контролю качества данных

Chapman, A.D. (2007). Training material for "In-situ Conservation of Crop Wild Relatives through Enhanced Management and Field Application"
Tashkent, Uzbekistan, 3-9 November 2007. Institute of Genetics and Plant Experimental Biology, Tashkent and Bioversity International, Rome. Translated by Svetlana Kim.

Принципы_качества_данных

Таксономические_и_номенклатурные_данные

Географическая_привязка

Очистка_пространственных_данных

Моделирование_местонахождений_1

Моделирование_местонахождений_2

Все материалы публикуются в авторской редакции