Новости

Более миллиона записей из России доступно через GBIF.org

8 ноября произошло очень важное событие для российского GBIF-сообщества – число записей, опубликованных российскими участниками, превысило 1 млн!

Благодаря усилиям одиннадцати институтов и ООПТ Россия стала крупнейшим источником данных для своей территории. Электронный гербарий МГУ на сегодняшний день является крупнейшим во всей системе GBIF массивом данных о биоразнообразии России.

Надеемся, что успешный опыт мобилизации данных станет хорошим стимулом к оцифровке биологических коллекций и публикации в GBIF уже оцифрованных массивов. Команда GBIF.ru все также готова оказывать техническую поддержку всем, желающим публиковать данные через глобальный портал.

 

Цифровой гербарий МГУ теперь доступен через GBIF.org

Данные об оцифрованных 786 000 образцов Цифрового гербария МГУ импортировали в Глобальную базу данных биоразнообразия GBIF. Информация стала доступна исследователям со всего мира на международной платформе. После индексирования всех оцифрованных образцов растений в GBIF Гербарий МГУ стал крупнейшим поставщиком данных о биоразнообразии России. Эта работа ведется при поддержке Российского научного фонда (РНФ) в рамках проекта «Ноев Ковчег».

Цифровой гербарий МГУ – крупнейшая в России база данных о разнообразии и распространении растений, основанная на сведениях о 786 тыс. образцов из Гербария имени Д.П. Сырейщикова. Она состоит из трех взаимосвязанных блоков – библиотеки высококачественных изображений гербарных образцов; базы данных текстовой информации, содержащейся в этикетках; геоинформационной системы с координатами мест сбора гербарных образцов. Цифровой гербарий МГУ, как часть депозитария, занимает восьмое место в мире по числу отсканированных гербарных образцов. Работы по полной оцифровке фондов в университетском гербарии завершатся в 2018 г.

Благодаря совместным усилиям группы исследователей НИИ физико-химической биологии имени Белозерского МГУ и учёных биологического факультета МГУ качество данных постоянно улучшается. Для 67,5 тыс. образцов целиком внесены подробные сведения с коллекторских этикеток, а для 29 тыс. листов установлены точные места сбора. В октябре 2017 г. геопривязка образцов осуществляется с использованием разработанной системы «ИСТРА», которая автоматически привязывает образцы растений к географической точке.

Источник: пресс-служба МГУ

 

UGRABIO планы развития

Немного о подготовке объединенной базы биологических коллекций UGRABIO в Ханты-Мансийске. Вчера у нас прошел второй семинар "Биологические коллекции Югры: сбор, фиксация, хранение, научный оборот" (первая встреча была в 2015 году и дальше будет проводится раз в два года). В семинаре участвовали сотрудники ООПТ, музеев и двух университетов округа (ЮГУ и СурГУ). В этом году были представлены доклады об истории, содержании и развитии восьми коллекций (примерно столько же в прошлом). 

Программы и Тезисы первого семинара можно найти (https://fungariumysu.org/2017/04/04/biological-collection-of-yugra-workshop/).

В этом году мы обсуждали также вопрос создания информационной системы, которая могла бы разместить данные коллекций в регионе. Сейчас есть только одна такая система (Биологическая коллекция ЮГУ) на основе ПО Specify, установлена и работает в пробном режиме на сервере ЮГУ (https://mukhrinostation.com/research/ysu-bc/). Участники семинара решили, что нужно продолжать развивать эту систему, сделать в базе несколько разделов для других коллекций и в этом году настроить для каждой ее рабочую среду и импортировать обозримое число образцов коллекций в качестве пробной версии. Следующим важным шагом будет организация экспорта данных из этой системы в GBIF. 

Мы начнем в ближайшее время разработку пошагового плана для исполнения этой задачи (и наверное опубликуем такой план-статью в сборнике семинара этого года). Будем благодарны за информационную поддержку.

Нина Филиппова

 

Distribution of the invasive plant species Heracleum sosnowskyi Manden. in the Komi Republic (Russia)

Ура! В журнале PhytoKeys вышла первая data paper из России! Подробности по ссылке.

 

Webinar on Darwin Core

Серия вебинаров о стандарте Darwin Core. Ближайший - 7 февраля.

Современная версия стандарта описания данных по биоразнообразию Darwin Core (DwC) была принята в 2009 году международной организацией Taxonomic Database Work Group (TDWG). Сейчас DwC широко используется для систематизации флористических и фаунистических сборов, оцифровки гербариев и зоологических коллекций, разработки баз данных по биоразнообразию различных групп живых организмов.

На вебинарах будет рассматриваться широкий круг вопросов, связанных с DwC – что это такое, как этим пользоваться, как он меняется, где можно найти дополнительную информацию и куда обратиться за помощью. Также будут рассматриваться частные вопросы участников мероприятий, связанных с использованием стандарта Darwin Core.

Страница вебинаров на портале GBIF

Инструкции для участников

 

Набор презентаций, посвященных контролю качества данных

Chapman, A.D. (2007). Training material for "In-situ Conservation of Crop Wild Relatives through Enhanced Management and Field Application"
Tashkent, Uzbekistan, 3-9 November 2007. Institute of Genetics and Plant Experimental Biology, Tashkent and Bioversity International, Rome. Translated by Svetlana Kim.

Принципы_качества_данных

Таксономические_и_номенклатурные_данные

Географическая_привязка

Очистка_пространственных_данных

Моделирование_местонахождений_1

Моделирование_местонахождений_2

Все материалы публикуются в авторской редакции